En las versiones anteriores a PrestaShop 1.6 salían las banderas en el bloque de lenguajes en lugar de salir el nombre del lenguaje, justo lo contrario a lo que pasa en la versión 1.6 que sale el nombre en lugar de la bandera.
Para modificar PrestaShop y tener nuestras banderas, debemos buscar el archivo blocklanguages.tpl que si estamos usando el tema por defecto se encontrara en la ruta themesdefault-bootstrapmodulesblocklanguages y aproximadamente en la línea 47 donde pone:
<span>{$language.name|regex_replace:"/s.*$/":""}</span>
Debemos añadir dentro de la etiqueta span
<img src="{$img_lang_dir}{$language.id_lang}.jpg" alt="{$language.iso_code}" width="16" height="11" />
Quedando de la siguiente forma
<span><img src="{$img_lang_dir}{$language.id_lang}.jpg" alt="{$language.iso_code}" width="16" height="11" />{$language.name|regex_replace:"/s.*$/":""}</span>
Gracias por el aporte!